正所謂天下熙熙，皆為利來；天下攘攘，皆為利往。
別看現任大乘院門跡大乘院尋憲是二條尹房（九條尚經女婿）之子、二條晴良之弟，但他卻并沒有與其兄二條晴良那樣選擇支持偽朝。
因為，大乘院尋憲不單單是因為二條晴良默許九條尚經之子尋円也在興福寺大乘院出家為僧，還將興福寺別當職授予松林院光實（日野內光之子、廣橋守光養子），而興福寺權別當之職則是授予東北院兼深（廣橋兼秀之子）。
加上足利義晴早在天文九年（1540年），就將次男足利千歲丸送入興福寺一乘院出家為僧，取法名覺慶，以加強足利將軍家與興福寺之間的羈絆。
興福寺別當職素來是由一乘院、大乘院兩院門跡來出任，即便松林院光實一度出任興福寺別當，大乘院尋憲也沒有直接表態反對，他還想著下一任的興福寺別當將會由自己來出任。
可沒曾想，在禁里之變發生后，以二條晴良為首的偽朝公們卻將興福寺別當職授予足利義輝之弟一乘門跡一乘院覺慶。這就讓大乘院尋憲感到極為不滿。
故而，在以上杉家為首的東國武家發起上洛之役后，大乘院尋憲直接選擇了作壁上觀，坐視三好家被上杉家的重創，而不對偽朝方面輸送一兵一卒以及任何的糧草輜重。
因此，大乘院尋憲也在戰后得以免于清算，并獲得寺領安堵，以及大乘院門跡如故的待遇。
等一乘院覺慶急逝，不僅興福寺別當職出現了空缺，就連一乘院門跡也出現了空缺。
大乘院尋憲早就有出任興福寺別當的想法，便頻繁向上杉家寺社奉行石川重久、寺社奉行代五味高重等人表示，自己愿意為上杉家獻出五千貫永樂錢、兩千兩白銀、五百兩黃金、兩萬石糧食。
起初，面對大乘院尋憲的頻繁示好，上杉清定并沒有理會，只是讓石川重久、五味高重等家臣告知大乘院尋憲，讓其將這些錢糧用于修繕寺院、整備道路。
畢竟，清定是有意將興福寺別當之職交給家中一門親族眾來出任，而不是出自偽朝逆臣二條家的大乘院尋憲。
可是，還沒等上杉家高層決定由何人來出任一乘院門跡，近畿諸國就爆發了國人一揆。
所以，早就覬覦興福寺別當職，以及兼并一乘院門跡領的大乘院尋憲在協助上杉家彈壓松永家的反叛過程中，那是一個不遺余力。
大乘院尋憲不僅將死對頭大乘院尋円趕走，還為北大和諸郡的上杉軍提供糧草輜重補給，并派出了興福寺僧侶中最擅長槍術，且作為興福寺武力擔當的寶藏院胤榮（中御門胤永次男，寶藏院流槍術之祖）來統轄僧兵，與穴澤氏清、柳生宗嚴等將一同行動。
而另一方面，松永久秀的撤兵頓時讓河內一國的形勢呈現出一邊倒的局面。
自從和泉、紀伊兩國再度被上杉家靜謐，以及游佐信教、綾井仁世、安宅神五郎、玉井三河守、六人部加賀守等人先后被上杉軍討取的消息傳入河內一國后，三箇賴照、田原對馬守等人就指望著松永久秀能夠盡快攻入河內境內，并壓制河內一國。
當松永家使者坂合部延宗進入三箇城，并將松永軍撤回大和的消息告知三箇賴照后，三箇賴照頓時面如土色。
雖說三箇家正與松永家、河內田原家等己方勢力是遙相呼應，但所領可沒有與松永領、河內田原領連成一片，更沒有在北河內取得戰略優勢。
加上上杉家打壓天主教的政策，以及三箇家庶子家三箇治部少輔家出身的三箇賴盛正出仕金吾畠山家，使得不愿改宗的三箇賴照根本沒有其他的選項，只能硬著頭皮選擇繼續與上杉家抗爭下去。
然而，此時的三箇家中并不是所有人都愿意繼續追隨三箇賴照與上杉家抗爭。
三箇賴世（三箇賴照之弟）、野原彌五郎等三箇家重臣們深知三箇家實力有限，眼下上杉家沒有及時發兵前來討伐只是三箇家運氣好罷了，等到上杉家將攝津、和泉、紀伊、大和、播磨等近畿諸國的國人一揆都彈壓了，屆時三箇家必然將會面對上萬規模的上杉軍討伐。
為了避免自己落得個身首異處的悲慘結局，三箇賴世、野原彌五郎等人自然是不愿跟著三箇賴照繼續一條路走到黑的。
于是，三箇賴世、野原彌五郎等人在若江城城主畠山在氏、大寶寺城城主三好笑巖、飯盛山城城主大館晴光、本丸山城城主鳥養宗慶、丹下城城主丹下盛知、丹南城城主平芳知（平盛長、平知茂）等上杉家河內諸將兵臨城下之際，主動打開三箇城的大手門、追手門，并迎接上杉軍入城。
也不等三箇賴照考慮好該如何抵御上杉軍的侵攻，上杉軍攻入城中的消息就傳至本丸大廣間。
在倉促之下，三箇賴照就命兒子三箇賴雄、三箇賴遠趕緊率馬廻眾前去二之丸，想方設法奪回大手門、追手門的控制權。
然而，上杉軍如同黑色潮水一般涌入城中，瞬間淹沒了前來阻擋的三箇軍，三箇賴雄、三箇賴遠也先后在混戰之中被上杉軍討取。
眼見二之丸失守后，三箇賴照、三箇賴連父子便意識到三箇城陷落也只是時間問題，再也無法依靠人力來扭轉了。
最后，在萬般無奈之下，三箇賴照、三箇賴連父子為了不在三箇城陷落后被俘，也不愿違背天主教教義而自盡，便選擇在大廣間之中互刺而亡。
至于三箇家的女眷則是盡數被俘，由大館晴光率本部軍勢押往京都所司代地牢之中，等待上杉定虎的發落。
而田原城城主田原對馬守在獲知三箇城被上杉軍圍攻后，一開始是準備出兵馳援的，但在行至龍間谷之際，遭到了大館晴光部的伏擊。
因不知龍間谷一帶上杉軍的虛實，田原對馬守也不敢戀戰，更不敢貿然突破前去三箇城，便丟下五十余具尸體后，狼狽退回了居城。