雖說三云家前任家督三云定持于長光寺之戰中被上杉軍討取，且三云家遭到了上杉家的一定打擊。但現任三云家家督三云賢持卻并沒有叛離主家六角家的想法，反而是對居城三云城進行不斷的加固、增筑，準備將三云城打造成六角家反攻近江的重要橋頭堡之一。
三云家在鼎盛時期領有野洲郡、栗太郡兩郡之地，還與蒲生家、后藤家、進藤家、平井家、目賀田家并列成為六角家的六宿老家。
別看三云家是甲賀五十三家之中實力較強的國人領主之一，卻并非甲賀郡的土著國人領主出身，反而是出自關東八國的武藏七黨之一的兒玉氏。其祖先淺見實高（兒玉家弘之子）還追隨首任鐮倉殿源賴朝出陣奧州，不僅因功出任左兵衛尉之職，還獲得了武藏兒玉莊、上野高山莊、越后荏保等地的地頭職。因此，三云家歷代家督、后嗣就以左衛門或新左衛門作為仮名，就連麾下的忍者也擅長弓馬之道、近戰。
不過，三云家因關應擾亂爆發后，因嫡流三云實親追隨足利直義一方，導致足利將軍家指認其弟三云行義一脈來擔任三云氏一門總領。而三云實親一脈則是之后將苗字改為了中山。
直至明應年間（1492年至1501年），三云一族才正式于近江甲賀郡三云莊定居，并以三云城作為自家居城。
原本，三云賢持、三云成持、三云三郎左衛門兄弟三人就準備與盤踞在由良谷一帶的夏見大學助、夏見角助父子互為掎角之勢，來阻遏上杉軍的攻勢。
可沒曾想，夏見大學助、夏見角助父子在獲知石部城陷落、主君六角承禎生死不明等諸多不利消息傳來后，就喪失了抵抗的意志，一矢不發的主動放棄夏見城，直接帶著家眷、族人逃入了由良谷的深山密林之中躲避上杉軍的兵鋒。
如此一來，三云城反而陷入了孤立無援的窘境之中。
現如今，三云城西面有櫻田景親、后藤高治兩部九千余軍勢，隔著野洲川的東面有著宇佐美定滿部的八千余軍勢。而南面同為甲賀眾的甲賀望月家、甲賀長野家、牧村家、甲賀山上家、甲賀高山家等國人領主們卻無一例外地按兵不動，隔岸觀火。
即便如此，三云賢持、三云成持、三云三郎左衛門兄弟仍然沒有背棄主家六角家的想法，更沒有選擇不戰而逃，反而積極做好籠城固守的準備。
永祿三年，九月十七日。
櫻田景親、后藤高治兩部在兵臨三云城外后，幾乎不做任何休整，就向三云城北面的支城西往寺砦發起了猛攻，并于半天之內將其攻落。
櫻田景親、后藤高治二人在給主君上杉清定的戰報中還不忘描繪西往寺砦之戰的戰況：“我軍之鐵炮聲、大筒聲、喊殺聲響徹天際。相比之下，賊軍之聲如同春天原野上被雷鳴驚動的燕雀一般。”
櫻田景親、后藤高治二人倒是將上杉軍比作雷電，而六角軍則是受驚的燕雀，意圖以此來向清定說明己方在此戰中占有絕對的優勢，幾乎碾壓六角軍。
然而，櫻田景親、后藤高治兩部的攻勢也在攻落西往寺砦后就此終止。
先不說三云城是修筑于深山密林之中，單單是崎嶇難行的山路，就導致上杉軍難以通過，不少武士、足輕還在攀登的過程中跌下山崖，遭到不少的非戰斗減員，根本無法展開兵力。
再加上，三云城外圍還挖掘了不少的溝堀，與陡坡、懸崖的組合后，成為一座難攻不落的堅城。
櫻田景親、后藤高治兩人眼見己方非戰斗減員越來越多后，便認為這樣的強攻得不償失，便果斷叫停。上杉軍對三云城第一天的攻勢宣告結束。
第二天，櫻田景親直接命人將三門佛郎機炮進行架設，意圖通過炮擊來迫使三云城主動開城投降。
可是，三云城本丸是修筑于三百三十余米的山頂，城墻還是由石垣構成，周邊還有密林遮擋，需要精確的計算佛郎機炮的仰角，才能順利將炮彈打進城中造成有效的殺傷。
可佛郎機炮的仰角有限，并非臼炮，且上杉軍還并不擅長對佛郎機炮仰角計算，在試射了幾次后，都無法命中山頂的三云城本丸，反而白白浪費了一些炮彈。
眼見炮擊無法奏效后，櫻田景親、后藤高治兩人只得對三云城采取斷水之策，將流經三云城西北方的由良谷川，以及野洲川流經三云城東南方的支流大砂川截斷，以此來切斷三云城的水源，意圖來個‘干殺三云’。
但出乎櫻田景親、后藤高治兩人意料之外的是，三云城早在上杉軍兵臨城下之前就已經在城中屯有大量的糧草，并挖掘了水井，以及儲存了不少水，使得三云城是既不缺糧，又不缺水。
加上三云城的守軍、協防領民還不到兩千人，糧草輜重的消耗也遠遠低于上杉軍。
就在櫻田景親、后藤高治兩部于三云城外陷入僵持之際，蒲生賢秀的東甲賀郡攻勢倒是順風順水。
得益于山中家庶流山中俊長、山中俊正父子出仕蒲生家的緣故，使得蒲生勢從居城日野音羽城出陣，直至越過笹尾峠進入甲賀郡境內，都沒有被甲賀眾察覺。
等到蒲生勢來到野洲川下游，準備經青瀨橋過河之際，音羽野城城主頓宮守孝（頓宮四方介之子）才獲知了上杉軍侵攻的消息。
當頓宮守孝在倉促之下準備帶著家眷棄城而逃之際，卻被美濃部上總介派來協防的美濃部六右衛門尉刺殺，其首級也被美濃部六右衛門尉獻給了與美濃部家有著姻親關系的蒲生賢秀。
隨著頓宮守孝被討取后，本就因上杉軍突然南下襲來而惶惶不可終日的音羽野城上下徹底喪失了戰意，加上前任頓宮家家督頓宮四方介與大部分家中武士、忍者陣亡于長光寺城之戰，使得頓宮家治下青壯所剩無幾。
在美濃部六右衛門尉的里應外合之下，蒲生勢幾乎不費吹灰之力，便將音羽野城一舉攻落。