雖說六角承禎有再度逃往伊賀境內去躲避上杉軍兵鋒的想法，但遭到了三云賢持、建部秀清、望月吉棟、山中俊好、石部家清等諸多出身于甲賀郡的家中重臣們強烈反對。
再怎么說，六角家也是近畿諸國的武家名門之一，就算遭到了足利將軍家的兩度征伐，在通過奇襲、暗殺等手段，最終扭轉敗局得以恢復家名。
在三云賢持、建部秀清、望月吉棟、山中俊好、石部家清等人看來，若是六角承禎、六角義治父子再度放棄石部城逃入伊賀境內，那么將來甲賀眾在六角家中的地位必然會受到影響，先前迫使六角承禎、六角義治父子簽訂限制家督權力的《六角氏式目》極有可能會失效。
故而，在大部分重臣反對的情況下，六角承禎只好暫時打消逃往伊賀的想法。
即便如此，六角家所面臨的巨大壓力絲毫沒有減少。
六角承禎深知眼下與足利將軍家曾經發起的兩次六角征伐時的形勢大為不同，不僅六角家、仁木家兩家完全處于孤立無援的窘境，境目地帶早就遭到了上杉軍的封鎖，連外界消息都很難獲得，就更別說獲得友軍的支援和聲援了。
而且，第一次六角征伐時期，足利義尚在上鉤寺設置的本陣幾乎是無險可守。至于奉命前來參陣的京兆細川家、武衛斯波家、京極家、金吾畠山家、若狹武田家、山名家、一色家、土岐家、大內家、朝倉家等大名，以及足利將軍家奉公眾各部軍勢距離上鉤寺最近的也在十余里開外。一旦上鉤寺遇襲，足利軍各部是完全無法做到及時馳援，甚至相互之間的聯系也會被切斷。這也就給了六角家之后扭轉局勢的機會。
長享三年（1489年）三月二十六日清晨，足利義尚這位被世人稱之為‘容顏俊美，身姿如玉’的玉面將軍暴斃于本陣上鉤寺之中，享年二十三歲。
足利義尚之父足利義政也在鉤之陣結束后不久中風臥床不起，并于次年延德二年（1490年）元月七日病逝，享年五十四歲。
與足利義尚相比，足利義政的一生可謂是充滿了不幸。其幼年時期因喪父（嘉吉元年足利義教遇害）喪兄（嘉吉三年足利義勝早逝）的緣故，被趕鴨子上架一般登上了征夷大將軍、武家棟梁之位；少年時期就要面對管領的專權和近臣之間的內斗；青年時期還要面對武家之間的糾紛與足利將軍家的分裂；中年時期面對京都的戰火與足利將軍家存亡的危機；晚年時期面對權威的不斷凋零與兒子的英年早逝。
關于足利義尚的死因撲朔迷離，有說是六角家派遣麾下忍者毒殺所致，也有說足利義尚長期聲色犬馬而引發腦淤血而亡。
在足利義材在位時期，六角高賴甚至還被朝廷指認為朝敵。若不是參陣大名們大部分按兵不動、作壁上觀，六角家也無法在逃入甲賀郡后再度發起反攻。
但是，今時不同往日。
六角承禎、六角義治父子就算效仿先祖那樣在遭遇強敵后逃入甲賀郡、伊賀國的深山老林之中，與敵軍展開游擊戰，也是徒勞無功。這樣的舉動已經在上杉家稱霸近畿諸國，成為新一代天下人后不再奏效。此時的世間可不是一百年前的模樣。
隨著上杉家將山城、大和、伊勢、美濃等國先后靜謐，使得六角家、仁木家不僅與三好家、河野家等友軍的聯系被切斷，甚至還遭到了上杉家的經濟封鎖。
先不說戰馬、馬鞍、弓矢、生鐵、鐵炮、鎧甲、糧草、打刀、長槍、硝石等戰略物資遭到了嚴格的管控，就連食鹽都無法流入六角領、仁木領境內。
可以說，上杉家的鹽留戰術是屢試不爽。
若是長期不食用鹽的話，對人的危害是相當的大。不單單會造成四肢無力，甚至還會導致水腫、消化功能下降、神經系統異常、心臟異常等諸多癥狀。
上杉清定就是打算通過經濟封鎖來讓六角家、仁木家的戰力急劇下降，從而能夠減少己方的損失而將這兩家大名攻滅。
一切軍事行動的指導原則，都根據于一個基本的原則——盡可能地保存自己的力量，消滅敵人的力量。
一切技術的、戰術的、戰役的、戰略的原則，都是執行這個基本原則時的條件。保存自己消滅敵人的原則，是一切軍事原則的根據。
遭到上杉家的經濟封鎖后，六角承禎、仁木義視二人也沒有坐以待斃。
畢竟，忍者最擅長的就是隱秘行動、爬山涉水。而六角家、仁木家旗下最不缺的就是忍者。
加上伊賀與山城、伊勢、大和、近江四國接壤之地無一例外的皆是山脈丘陵，使得六角家、仁木家的忍者可以利用熟悉地理的優勢，輕松避開上杉軍所設置的關所。
只是，因口音、生活習慣等緣故，最終只有少量忍者成功將食鹽、糧草等重要物資帶回六角領、仁木領。
由于仁木家方面并沒有探查到伊勢、大和、山城三國之中有上杉家大肆征召軍勢、陣夫的跡象，這才讓六角承禎稍稍松了一口氣。
然而，仁木義視少算了一點。
上杉家雖然沒有大肆征召軍勢、陣夫，但也沒在靜謐攝津、和泉、河內、播磨等國后，就將先前征召的軍勢、陣夫解散。
永祿三年，九月十五日。
京極龍子于觀音寺城本丸為清定誕下了八男，清定就因地為其取名為近江丸。
就在清定命多羅尾光吉、多羅尾光俊父子與新參家臣小川元政一同，將自己喜得一子的消息火速傳播出去的同時，當即做出如下部署：
第一路，由櫻田景親為大將，節制藤堂虎高、河田元親、吉田重高等將，以五千余軍勢配置三門佛郎機炮，從近江川守城出陣，在經八重谷后直撲六角承禎、六角義治父子所在的石部城；
第二路，由宇佐美定滿為大將，節制水谷正村、長尾當長、一栗放牛等將，以八千余軍勢配置五門佛郎機炮，從川守城東南方的上南城出陣，在經水口丘陵后，攻向甲賀山中城；
第三路，由蒲生賢秀為大將，蒲生定秀為副將，率一千余軍勢負責攻打音羽野城、土山城、平子城等地；
第四路，由后藤高治為大將，節制青地茂綱、山岡景隆、馬淵宗綱、永原重虎等將，以五千余軍勢從青地城出陣，攻向石部城西面支城多喜山城；
第五路，由八條定繁為大將，節制穴澤氏清、八戶治義、曾我助乘、大館義實、大館晴光等將，以五千余軍勢配置三門佛郎機炮，從山城木津城出陣，與藤林家一同夾擊伊賀眾的增地家、田矢家；
······
面對上杉軍的多路攻勢，認為上杉清定喜得一子而放松警惕的六角家是猝不及防，甲賀郡與野洲郡、蒲生郡、栗太郡境目地帶的防線在短時間內就被攻破，進而全線崩潰。
櫻田景親所節制的藤堂虎高、河田元親、吉田重高等將皆是出自南近江諸郡，且對六角家的底細非常熟悉。這一路軍勢在越過八重谷后，就迅速迫近石部城北面的支城菩提寺城、青木城。
雖然菩提寺城、青木城兩城的守軍很早就在城外布置了大量的逆茂木、亂杭（布置不規則的密集尖銳木樁纏繞藤蔓）、撒菱（四角都有尖刺，其中一角固定朝上）、柵欄等大量阻遏行軍以及攻城之物，但上杉軍的攻城戰術早就不使用蟻附攻城了。
隨著櫻田景親的一聲令下，三門佛郎機炮在架設好后就朝著菩提寺城、青木城兩城展開猛烈炮擊。
即便菩提寺城、青木城兩城連成一體，還是修筑于山谷之中，剛好坐落于野洲川中郡橋以北，是上杉軍南下攻向石部城的必經之路。
可六角軍用于守城的大都是傳統守城器具，連鐵炮都少得可憐，就更別說火炮了。
上杉軍所配置的佛郎機炮是配備了七個子銃，在短短幾分鐘內就能傾瀉出上千發乃至數千發不等的彈丸。
當接二連三的轟鳴聲不斷響起，上杉軍陣地更是硝煙彌漫。
等微風逐漸吹散硝煙后，上杉軍上下這才發現菩提寺城、青木城兩城的大手門、箭櫓、板屏等大部分木質城防設施已經在炮擊之下千瘡百孔。
其中，最為夸張的是，大手門更是被佛郎機炮轟得滿是彈孔。
至于菩提寺城、青木城兩城的守軍被佛郎機炮轟得是鬼哭狼嚎，只好躲在角落之中，連頭都不敢抬。守將建部秀清、建部秀信等人見此情景是驚懼不已，面如土色，完全失去了繼續籠城固守的底氣。
還沒等建部秀清、建部秀信等人想好應對之策，上杉軍陣地上就吹響了進攻的法螺聲。
菩提寺城、青木城兩城的守軍在聽到上杉軍的法螺聲后，還以為他們又一次要遭到炮擊，幸存的足輕、農兵也不顧武士的訓斥、叫罵，紛紛不約而同地丟盔棄甲而逃。
不過，這一次建部秀清、建部秀信等建部一族之人沒有選擇隨守軍一同棄城而逃，反而是退入菩提寺城的本丸大廣間之中。
因為，建部秀清、建部秀信等人在箕作城之戰中，眼見以上杉軍為首的官軍勢大，就拋棄同僚棄城而逃。而后，他們又在長光寺城之戰中擁兵自重、保存實力。
若非以百地三太夫為首的伊賀眾加勢和監視，建部秀清、建部秀信等人還打算拋棄主君六角承禎繼續南逃。
此時的建部秀清、建部秀信等人自知就算率殘部逃入伊賀，也無法讓主家像曾經那樣扭轉敗局、奪回舊領。
不論是伊賀國還是甲賀郡，通往山城、伊勢、大和等國的交通要道皆被上杉軍設置了關所封鎖起來，就算是手無寸鐵的百姓通過都要嚴加盤查，更別說武士、忍者了。
再加上，上杉軍在過去的二十幾年中幾乎一直在打仗，是百戰精銳；而六角家、仁木家的軍勢來源非常復雜，有臨時招募的浪人、山伏、盜賊等，也有旗下國人領主、忍者、征召農兵等，大部分人甲胄不齊，有不少人甚至未經訓練、第一次上戰場。
這么一對比，孰強孰弱就一目了然。
在人數、裝備、士兵素質、指揮官素質都不占優的情況下，六角家和仁木家要是能打得贏，那除非獲得八幡大明神的相助，或是讓源義經、木增義仲、源義經、北畠顯家等猛將死而復生。
最后，建部秀清、建部秀信等人沒有再度棄城而逃，更沒有背叛自己的主君，反而是帶著建部一族武士以及郎從一百余人齊聚在本丸大廣間之中，或是切腹，或是自刎。
至于鄰近菩提寺城、青木城兩城的谷城守軍在聽聞兩城在半天之內就被上杉軍攻落后，無不感到驚恐萬分，黑川與四郎（黑川修理進之子）、芥川七郎兵衛（芥川左京亮之子）等守將麾下軍勢大都是由忍者組成，并不擅長守城，他們自知不敵，就毫不猶豫的選擇率麾下軍勢棄城逃往石部城。
在逃往石部城的途中，黑川與四郎、芥川七郎兵衛等人還不忘將中郡橋、石部橋等通往對岸的橋梁盡數破壞，以此來避免上杉軍長驅直入甲賀郡的腹地。
只是，黑川與四郎、芥川七郎兵衛等人想得還是太過于簡單了。
櫻田景親在接連攻落菩提寺城、青木城，并兵不血刃的攻落谷城后，就命參陣陣夫火速搶修石部橋、中郡橋兩座橋梁，生怕攻落石部城的功勞被后藤高治所節制的南近江諸將奪取。
很快，黑川與四郎、芥川七郎兵衛等人就傻眼了，上杉軍一面拆除了菩提寺城、青木城、谷城三城之中的屋舍來打造小船渡過野洲川，一面還以參陣陣夫修繕石部橋、中郡橋兩座橋梁。同時，上杉軍騎馬武士更是尋找水淺之處強渡野洲川。